¿Qué es la Bioinformática? ¿Cómo sé si me gustaría especializarme en este campo? ¿Cuáles son las herramientas y los lenguajes de programación que debo aprender? ¿En qué consiste el trabajo diario de un/a bioinformático/a? Si alguna vez te has planteado cualquiera de estas preguntas, estás en el sitio adecuado. A continuación te presentamos las 5 plataformas que ofrecen los mejores cursos online de iniciación a la bioinformática.
Coursera fue fundada en 2012 por dos profesores de Ingeniería Informática de la Universidad de Stanford y cuenta ya con 25 millones de alumnos distribuidos por todo el mundo. Esta plataforma ofrece tanto cursos individuales como especializaciones (set de cursos enfocados al aprendizaje de una habilidad concreta) de prácticamente cualquier área del conocimiento.
Aprenderás a tu ritmo a través de clases grabadas, cuestionarios auto evaluables y tareas peer-reviewed diseñadas por profesores de las mejores universidades del mundo. La duración de los cursos suele variar entre 4-6 semanas (cursos individuales) y 4-6 meses (especializaciones). Aunque predomina el inglés, también se puede encontrar docencia en otros idiomas, incluido el castellano. Además, te ofrecen la posibilidad de obtener un certificado digital oficial por un módico precio (cursos individuales: 29-99$, especializaciones: 39-79$/mes).
- Especialización en bioinformática de la Universidad de California, San Diego: 7 cursos, centrado en genómica, proteómica y evolución molecular.
- Especialización en ciencias de datos genómicos de la Universidad Johns Hopkins: 8 cursos, focalizado en las herramientas más utilizadas en el análisis de datos genómicos, incluyendo el modo de empleo de la terminal, los lenguajes de programación Python y R, Bioconductor y Galaxy.
- Especialización python para todo el mundo de la Universidad de Michigan: 5 cursos, diseñado para el aprendizaje del lenguaje de programación Python y su empleo en base de datos, acceso a datos web y visualización masiva.
- Especialización estadística con R de la Universidad Duke y otros cursos de programación en R de la Universidad Johns Hopkins: especializados en el aprendizaje del lenguaje de programación R para el análisis estadístico masivo de datos, tanto desde una aproximación frecuentista (p valores) como bayesiana.
- Métodos bioinformáticos I y II de la Universidad de Toronto: 2 cursos, centrado en bases de datos, alineamiento de filogenética, bioinformática estructural, análisis de expresión génica y redes de interacción proteica.
- Especialización en biología de sistemas y biotecnología de la Escuela Icahn de Medicina del Monte Sinaí: 6 cursos, focalizado en genómica, modelado estadístico y de redes, modelado dinámico, proteómica y tecnologías ómicas de single cell.
Fundada en 2012 por la Universidad de Harvard y el MIT, edX cuenta con más de 90 colaboradores internacionales cuyas universidades se reparten los primeros puestos del Ranking Mundial de Universidades QS. Se trata de una plataforma abierta y sin ánimo de lucro que ofrece cursos gratuitos de diversas áreas, incluida la Bioinformática. Dentro de este campo, recomendamos HarvardX Data Analysis for Life Sciences de la Universidad de Harvard, compuesto por los siguientes 7 cursos de 4 semanas de duración cada uno:
- Estadística y R: Introducción a la estadística básica y a la programación en R.
- Introducción a los modelos lineales y el álgebra matricial: Aplicación de modelos lineales a través de R.
- Inferencia estadística y modelado para experimentos de alto rendimiento: Test múltiples, tasas de error y cómo controlarlas, FDR, q-valores, análisis de datos exploratorios.
- Análisis de datos de alta dimensión: Distancias, SVD, escalado multidimensional, PCAs, batch effect, análisis de factores, machine learning, clustering análisis jerárquico y por k-means, validación cruzada.
- Introducción a Bioconductor: anotación y análisis de genomas y ensayos genómicos: NGS, microarrays, preprocesado de datos crudos, normalización, repositorios de datos públicos.
- Computación de alto rendimiento para lograr la reproducibilidad en genómica: Paralelización con R, docker hub.
- Estudios de caso en genómica funcional: RNA-SEQ, CHIP-SEQ, metilación de ADN.
W3schools fue creado en 1998 y es conocido como el sitio web por excelencia para el aprendizaje en línea de tecnologías de desarrollo web. Recibe más de 10 millones de visitantes únicos mensuales y sus cursos se basan en ejercicios que pueden ser realizados en editores de código en línea, sin necesidad de instalación alguna.
Es idóneo para aquellos alumnos con interés en la creación de páginas y herramientas web, enfocadas a la bioinformática o a cualquier otro campo. Recomendamos seguir el orden de tutoriales establecidos por la propia plataforma, empezando por HTML y CSS, siguiendo por JavaScript y terminando por las tecnologías empleadas para implementar la parte del servidor y de base de datos, tales como SQL. Además, contiene una gran cantidad de plantillas de páginas web con el código visible y modificable.
Rosalind es una plataforma enfocada al aprendizaje basado en la resolución de problemas y ejercicios. Su nombre conmemora a Rosalind Franklin, cuya cristalografía de rayos X junto con Raymond Gosing ayudó al descubrimiento de la estructura del ADN por parte de Watson y Crick. Está inspirada en el Proyecto Euler y en Google Code Jam y se dedica en exclusiva a la Bioinformática. Entre sus módulos encontramos:
- “Python Village”: ideal para principiantes con pocos o ningún conocimiento de programación. Contiene un dossier de ejercicios en los que aprenderás desde 0 los conocimientos básicos de programación en Python.
- “Bioinformatics stronghold”: recomendable para aquellos alumnos que ya se han iniciado en la bioinformática. Sus problemas están enfocados al descubrimiento e implementación de los algoritmos más empleados en el campo de la bioinformática, incluidos el alineamiento y ensamblaje de genomas, la filogenia, la espectrometría de masas y la programación dinámica.
- “Bioinformatics armory”: similar a “Bioinformatics Stronghold”, pero en vez de diseñar tus propios algoritmos, resolverás los problemas con herramientas ya existentes.
- “Bioinformatics textbook track” y “Algorithmic heights”: contienen colecciones de ejercicios procedentes de diversos libros de texto.
MOOC son las siglas de Massive Open Online Courses. Este sitio web actúa como buscador de cursos gratuitos online y te muestra los resultados de otras plataformas, instituciones y universidades. Permite filtrar por categoría, universidad, idioma, país, tipo de certificado, fecha de realización y profesor e incluye muchos de los cursos mencionados anteriormente. Visitarla es un buen comienzo para hacerse una idea de qué se está ofreciendo actualmente.
Otras instituciones y plataformas que ofrecen cursos gratuitos o a un precio razonable:
